TMS CEE doo rešava žalbe i prigovore koji su mu upućeni, a odnose se na njegov rad ili rad njegovog klijenta. Prigovori se mogu odnositi na postupak rada TMS CEE koji uključuje i postupak rada stalno zaposlenih i eksternog angažovanih lica (proveravača, kontrolora, eksperata), kao i prigovore na rad klijenata TMS CEE. Takođe, TMS CEE rešava i žalbe koje se odnose na bilo koju nepovoljnu odluku koja je doneta a u vezi sa poslovima kontrolisanja/sertifikacije. Postupak rešavanja prigovora i žalbi definisan je Procedurom TMS PR 08, Postupanje sa prigovorima i žalbama.